Lo siento pero no te acabo de entender muy bien. Tienes un alojamiento en Internet, un equipo con Linux para hacer pruebas o en equipo con Windows con Idem. Lo que tienes que hacer es que todos los archivos esten en la misma carpeta, pero aún así no entiendo que tiene que ver phpMyAdmin con los documentos PHP.
Si tu tienes un equipo en el que estas haciendo pruebas, (que es lo que me parece), cuando tu accedes poniendo en el navegador
http://localhost, estarás accediendo a la página index.html o index.htm o index.php que este en el directorio htdocs.