Hola:
Los nloqueadores de popup creo que bloquean las instrucciones "window.open", pero si las caracteríaticas especiales de los popup no te importan puedes simplemente usar el atributo target de los formularios y los enlaces (target="_blank")...
No sé como abres el popup, pero tal vez te interese este artículo:
Formularios y enlaces dirigidos a ventanas
Saludos
