No veo las Application Pools

[Miguel Jaramillo]

El modo de aislamiento es solo para poder tener compatibilidad con las con las versiones anteriores de IIS.
Sin embargo la gran mayoria de aplicaciones que corren en IIS 5.0 corren en IIS6.0 (personalmente el unico problema que he encontrado es con la libreria "CDONTS" para envio de correos, pero basta unas lineas para solucionarlo ).
Ahora es cierto hay un riesgo de que no corran los aplicativos por lo que recomiendo que antes de realizar alguna modificaciòn realizes algunas pruebas instalando tus aplicaciones en IIS6.0 sin aislamiento.

Por otro lado no existe ningùn problema de correr diferentes aplicativos con diferentes tipo de framework , por que todos ellos pueden existir independientemente.

En un post anterior respondi sobre eso , aqui te envìo , como se hace.

http://www.forosdelweb.com/f59/iis-5-1-con-framework-2-0-1-1-a-509681/

Por otro lado los Aplicationspools se deben de crear para cada aplicativo , por default solo viene uno ,estos sirven para que cada aplicativo pueda corre en un proceso independiente uno del otro ademas de proporcionarte algunas caracteristicas muy utiles para la administracion de tu web.

Te envio un link para que puedas crear un nuevo application polls("grupo de aplicaciones")

http://technet2.microsoft.com/WindowsServer/es/Library/f6bcf78c-e0da-4e64-a010-fa8fbc499ddc3082.mspx?mfr=true

espero que te sea de ayuda.

Saludos