Hola, ¿y porque es necesario cambiar el nombre de la carpeta de la aplicación? los programas como estos hacen "llamados" a una ruta específica y si no encuentra la ruta predeterminada (por haberle cambiado el nombre por ejemplo) entonces este no funcionará adecuadamente.
El Script Blocking es una herramienta que puede detectar scripts maliciosos y bloquearlos.
No conozco el funcionamiento de BizTalk Server, ni su relación con el Scrpit Blocking. Lo que si es obvio es que no debes cambiar el nombre de las carpetas de los programas ya que esto está ocasionando el error.
Saludos
