Si fuera en photoshop, sencillamente se guardaría para web, preservando la transparencia, como gif.
Los Jpg no pueden ser transparentes.
<img src="http://perso.wanadoo.es/ruedaalcantara/LogFavRuedaAnimada.gif"> ruedito <img src="http://www.terra.es/personal8/ruedaalcantara/josemari/grazy.gif">