La advertencia la eliminás modificandola para que cualquier texto que tenga que enviarse se envíe después de hacer el procesamiento necesario.
O usando
funciones de control de salida.
En cuanto a php o CGI, no hay confusión posible porque PHP es un lenguaje y CGI una interfaz para comunicar un servidor web con un programa, PHP puede funcionar como CGI o como módulo de Apache, pero su funcionamiento no se ve afectado por esto.
Saludos.