si todos los campos son exactamente iguales, puedes hacer lo siguiente:
- Generar una tabla temporal con la misma estructura que la tabla de los registros duplicados, agregando un campo identity.
- Insertar los registros duplicados en tu tabla temporal.
- Eliminar los registros duplicados de la tabla origen (tabla fisica).
- Insertar solo uno de los registros que estan en tu tabla temporal, con el campo identity los podras manejar individualmente sin problemas.
Saludos!