Hola, ya solucione mi problema. Si a alguien le interesa aquí les dejo el código:
Código:
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^$
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://(www\.)?midominio.com(/)?.*$ [NC]
RewriteRule .*\.(php)$ http://midominio.com [R,NC]
Ese código hay que ponerlo dentro del directorio donde no queremos que se linken desde otros dominios a una página de nuestro dominio.