Hola de nuevo,
solucione el problema, en lugar de :
Código PHP:
$pdf->Output("factura.pdf",F);
$mi_pdf = 'factura.pdf';
header('Content-type: application/pdf');
header('Content-Disposition: attachment; filename="'.$mi_pdf.'"');
readfile($mi_pdf);
pongo
header('Content-Disposition:
inline; filename="'.$mi_pdf.'"');
y ahora se guarda y desues se abre en el mismo navegador.
Espero que le sirva a alguien..
Un saludo y gracias