ponle a todos los checkboxes el mismo nombre y como array, asi:
Código:
<input type="checkbox" name="id[]" value="1">
<input type="checkbox" name="id[]" value="2">
luego en el script que borra:
Código PHP:
<?php
foreach($_POST['id'] as $id)
{
$sql="delete from tabla where id=$id";
....
}
?>