El tipo de servidor no tiene nada que ver (Apache o IIS)
Las peticiones Ajax funcionan del lado del cliente y todos los navegadores soportan el objeto XMLHTTPRequest.
Yo creo que que lo que se debe revisar es el codigo que crea el objeto Ajax y la forma de las peticiones.
Prueba con esta función
Código PHP:
function getAjax(){
var xmlhttp=false;
try{xmlhttp=new ActiveXObject("Msxml2.XMLHTTP"); }
catch(e){
try {xmlhttp=new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP"); }
catch(E) { xmlhttp=false; }
}
if (!xmlhttp && typeof XMLHttpRequest!='undefined') { xmlhttp=new XMLHttpRequest(); }
return xmlhttp;
}
Tampoco tiene que ver el SO.
Un saludo