No veo las Application Pools

[ChinKolla]

Lo primero darte las gracias Miguel, diste con el problema:

Mi interrogante ahora es que pasa con las otras aplicaciones que estan colgadas en el servidor si modifico el modo de aislamiento. Por lo que he mirado sé que al cambiarlo el IIS se tiene que reiniciar. Esto afectaria al normal funcionamiento de las aplicaciones que ahora mismo están corriendo?... No se si me explico...

De todas maneras te comento a grandes rasgos el problema de las versiones, aunq le ha pasado a bastante gente segun he visto por los foros.
El tema es que las antiguas aplicaciones que tengo han sido creadas en VisualStudio2003 bajo el Framework 1.1... Perfecto... Mi problema llegó cuando acabé mi aplicacion en VisualStudio2005 que requiere Framework2.0.. Y claro problemas con las versiones... no consigo pubilcar en el servidor mi nueva aplicación (las antiguas van bien), me da error: "Aplicación de servidor no disponible".
Entonces averigué que mi solución podían ser las Application Pools del IIS6.0.
Claro por eso me sorprendió al ver que en mi IIS6.0 no aparecian por ningún lado...
De ahí mi petición de ayuda en el foro.
Aun así tengo otro problema: Resulta que mirando otro servidor que tengo (estoy en el trabajo) que tiene la versión 6.0 del IIS, si aparecían las Application Pools, pero por defecto me vienen solo: "DefaultAppPool" y "CommunityServerAppPool".
Tiene instalado el Freamework2.0 y mi pregunta es ¿porqué solo me aparecen estos dos perfiles de AppPools? ¿Debería de aparecerme también "ASP.NET V2.0", que es la que yo necesito? ¿Tendría que crearla yo?
Pido un poco de auxilio en este galimatias de versiones y demás. Espero haberme explicado bién..Un saludo y gracias de nuevo...