Mira, si tu codigo se ve bien en Firefox y no en IE, vas por buen camino. Esto se debe a que Firefox si soporta los estandares y las caracteristicas de CSS correctamente, mientras que IE hace lo que se la da la gana.
Aqui tienes un sitio donde estan tratados los diferentes bug de IE, mi consejo es que analizes una a una las fallas, y busques soluciones, pero de a poco. Mientras tanto voy a ver si puedo ayudarte.
Saludos.