Supongo que encabezado.php y menu.php están en el directorio raiz.
Entonces, pagina1.php estará dentro de una carpeta, digamos "carpeta/pagina1.php". Si te funciona bien accediendo a encazado.php directamente, estoy casi seguro que el problema viene por la ruta que le pones en encabezado.php para llamar al archivo flash.
Si el archivo está donde está encabezado.php y el .swf también, y accedes a /carpeta/pagina1.php y no se ve, tendrías que ponerle la ruta "../archivoflash.swf" en encabezado.php.
Yo personalmente, para llamar archivos, suele usar la ruta completa en la mayoría de ocasiones.
Espero que sea ese el problema y puedas solucionarlo.
Saludos.