Hola,
yo empecé en esto de las páginas web y php en enero, haciendo un PFC. Me encontré con la misma problemática que tú, conectar php desde linux a un MSsql server. Tardé un mes en averiguar cómo debía de hacerlo.
Primero tienes que insatalar Freetds en linux y configurar php para que lea freetds. Así lo hice yo en mi página
Antonio Ortega Agentes de Seguros - Inicio y me funcionó muy bien. Si te vas encontrando con cualquier duda, coméntalo.
Un saludo y suerte