1.- Para usar Stored Procedures lo mejor es usar la
extension PDO de PHP, claro depende de la version de PHP que manejes, ya que PDO solo sirve para la version 5.
2.- Yo creo si utilizas o no tablas temporales es trabajo de tu SP, no creo que PHP note la diferencia.
3.- Deberias de hacer lo mismo, le envias como parametro a tu SP el XML para que se ocupe de el.
Saludos.