Si.... realmente lo de que es mejor si tablas pequeñas, grandes..., eso no hay como decirlo, simplemente todo va saliendo deacuerdo a como vas normalizando tu DB. La normalizaciòn es la que te dice que tan òptima y bien estructurada quedarà tu DB. Mejor dicjo, esa parte dàjasela a la normalizaciòn, si sabes normalizar, sabràs que este proceso es el que realmente "decide", como queda tu DB.
En cuanto a lo de tablas bidimensionales, me podrìas explicar mejor??
Saludos