Lo del formateo... no me creo que tarde tres horas. Tarda lo mismo que en grabar un DVD, o sea si grabas un DVD en 15 minutos, pues lo tienes formateado en 15 minutos. Eso elimina toda la información del disco a base de rellenar todos los bits con "ceros". Existe la opción de formateo rápido que te lo hace en 1 minuto, en este caso simplemente se borra el índice del disco y no se rellena el resto con "ceros". Te recomiendo hacer siempre el formateo rápido, el otro déjalo sólo para cuando te empiece a dar problemas el disco. Estas opciones las tienes en programas como el Nero Burning ROM o el Alcohol 120
En cuanto al pendrive, para mi es mejor opción

Es más fiable y más rápido para meter o sacar cosas sobre todo si lo haces a menudo...