Si pensas mezclar código PHP con código Javascript de esa forma se te va a complicar un poco, especialmente la parte de encontrar el error. Por lo pronto, eso imprimiría
Código PHP:
document.getElementById('contenido').innerHTML="miphp";
Deberías entrar al código fuente para ver si eso es así. Si no anda, pero ves eso, el problema que tienes es de javascript, por ejemplo, poner ese código antes de que existe el elemento de ID contenido.