¿Y en el popup qué se muestra? Me explico, vas a mostrar todos los artículos del blog, como si entrases en index.php? ¿o vas a mostrar sólo el contenido de un artículo, como si entrases en index.php?p=123 ?
En el primer caso edita index.php y en el segundo index2.php
Y otra cosa, puedes usar el mismo sistema para ocultar el menu directamente en header.php,
Código PHP:
<?php if (isset($_GET['menu'])) { /* Detecta si existe variable */ } else { /* Código del menú */ } ?>