Cuando trabajas con php si o si tenes que ponerle un []. Desde javascript no entiendo cual es tu problema, pero podrías hacer una función que haga todo:
Código PHP:
function marcar(nameCheck, action){
// Action: 0=Deseleccionar todos 1=Seleccionar todos -1=Invertir seleccion
var f = document.formulario
for (var i=0; i<f.length; i++){
var obj = f.elements[i]
var name = obj.name
if (name==nameCheck){
obj.checked = ((action==1)? true : ((action==0)? false : !obj.checked) );
}
}
}
Otra es, que lo que habitualmente haces con f.nombre.value lo hagas con f["nombre[]"].value, donde f es document.nombreFormulario.