Hola richicasas,
Hace un tiempo tuve el mismo problema, termine realizando la solucion que di en este hilo del foro. En resumen, con este cambio la web trabaja como sino tuviera subdominios, eso si, tienes que tener un archivo htaccess que permita interpretar las urls con subdominio y transformarlas en una url sin subdominio.
http://www.forosdelweb.com/f58/como-hacer-que-subdominios-lean-htaccess-raiz-511293/