Pues de momento, solo lo que ya sabes, habrá que esperar que pase el tiempo y se utilice solo explorer 7 y firefox para que soporte la transparencia de los png.
Mientras tanto, lo que puedes hacer es limpiar bien el logo en photoshop, lo pones en una capa sobre fondo transparente sin acoplar capas y al guardarlo le das a Guardar para Web. Ahí tienes varias opciones, lo guardas como gif adaptable, lo pruebas para ver como queda, miras donde tiene el borde blanco y vuelves de nuevo a retocar el logo en photoshop hasta que desaparezca.
Para quitarlo te acercas con la lupa y miras si tiene degradado o sombrita en los contornos, la idea es ir apurando borrando con la goma en la capa del logo, hasta eliminar los residuos donde veas que hay borde blanco.
Los bordes tendrán que estar exentos de suavizado. Cuando haces una selección con lazo o varita mágica, tienes la opción de elegir suavizado o no, lo mejor en este caso es no activar esta opción, de esta manera el borde es más cortante, como el de este emoticono
pero desaparece el incómodo reborde blanco.
Espero que te sirva.