Podes poner algo de código?..
En php, tal vez tendrías que poner $variable = $variable_de_javascript;
Luego en el a href, echo "<a href='index.php?loquequiero=$variable'>enlace</a>";
Algo así debería funcionarte,... o sino, la variable que tenes en javascript mandala por medio de GET así luego con $_GET la recibis y listo...
Pero pon algo de codigo, para ver de que se trata y como podemos hacerlo...
Saludos