Puedes usar number format, que te hace las dos cosas.
Código PHP:
$numero = 12289233.8945;
$numero = number_format($numero, 2, ',', '.'); // El 2 marca los decimales que quieras tener, la coma es la separación de decimales y el . la separación de miles
echo $numero; // Imprimiría 12.289.233,89