Tienes que especificar el sistema de numeración de usas en el segundo parámetro de la función:
Código:
var s = "18-08-2007";
var fecha = s.split("-")
dia = parseInt(fecha[0], 10);
mes = parseInt(fecha[1], 10);
year = parseInt(fecha[2], 10);
alert(dia+"-"+mes+"-"+year);
Más información:
parseInt
Hazlo siempre, ya que un número que comience con 0 es normal que se tome como un número en octal en muchos lenguajes (aunque en este caso parece que no es de eso el problema)