Cita: en que parte hago un backup general de todos mis cuentas desde WHM teniendo acceso de Root?
WHM - Configure Backup, desde ahí lo configuras de la forma en que tu quieras.
Las bases de datos se guardan siempre y cuando tu lo hayas configurado así.
Si estás brindando servicios de hosting te sugiero estudiar un poco más, hay muchos manuales de cPanel y WHM, te sacarán de apuros, aprenderás y brindarás un mejor servicio a tus clientes.
Saludos,