El netbeans es muy buen IDE, lo malo es que si intentas generar por ,ejemplo, una aplicacion de escritorio en forma visual, te genera mucha cantidad de codigo basura, en este sentido eclipse te genera un codigo mucho mas compacto, si hablamos de aplicaciones web, tal vez netbeans le lleve la delantera a eclipse.
En todo caso este tema ya lo habian preguntado
http://www.forosdelweb.com/f45/con-que-entorno-aplicacion-realizais-vuestras-aplicaciones-java-495427/
P.D: Yo tampoco encuentro complejo Eclipse.