El virtualdubmod puede hacerlo, pero no te libras de configurar todos los archivos... Es decir, coges un archivo y configuras todo, cuando le das a guardar hay una casilla en la ventana de selección del archivo a guardar que pone "Don't run this job now...", la marcas y el programa no hace nada. Así vas configurando todos los archivos, y cuando quieras empezar a codificar todos de seguido, vas a File -> Job control, y ahí tienes todos los procesos, le das a empezar y los hace todos seguidos, por ejemplo durante la noche
