si solo serán tres te recomiendo el padding.... se complica menos...
Código:
Select Right('000' + Cast(Valor as varchar), 3)
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Pero en lo personal la respuesta de andres es mas flexible, ya que así como te lo muestro no te anexará ceros despues del número 99, con lo de andres puedes incluso configurar el nivel de relleno que ocuparas
Saludos!