Bueno, algo te puedo decir, pero no mucho...
Deberás instalar un selector de arranque de linux en el disco principal (maestro). Existen LILO y GRUB, no se cuál llevará kubuntu.
Yo conozco el GRUB Ubuntu, no se como será en Kubuntu... Con el live CD podrías configurar el GRUB. En la versión 7.04 de Ubuntu con la aplicación de gestión de particiones basta con colocar el flag del disco frincipal como boot, en versiones anteriores hay que ejecutar el comando grub, y dentro establecer el disco y partición que será de arranque. Buscando por ahí yo vi dos métodos para hacerlo, aunque a mi mi personalmente se me dio mal pq tenía tres discos, yo creo q tu lo tendrás más fácil.
Busca por internet como configurarlo, y ten en cuenta que cada vez que añadas o cambies discos o particiones se te puede desconfigurar el arranque y tendrías que repetir el asunto, así que apréndelo bien
Suerte
