Aqui te paso unas pagina donde te dan un poco de orientacion y ejemplos para optimizar tu base de datos (my.cnf)
http://www.linuxweblog.com/node/231 este ultimo te puede ayudar mucho
https://www.csoporte.org/support/ind...articl eid=76 aunque si no estaria mal que aumentaras a 1 GB de memoria ram tu servidor.