Yo utlilizo restaurar backup con el mismo sistema del pc, así:
$dbhost = 'host'; // Servidor base de datos.
$dbuname = 'us'; // Usuario base de datos.
$dbpass = 'pass'; // Contraseña base de datos.
$dbname = 'bd'; // Nombre base de datos.
$mysqlimport = "c:\wamp\mysql\bin\mysql.exe"; //para windows, para linux $mysqlimport = "mysql.exe";
$archivo = "dumpdir/archivo.sql"; ubicación del archivo.sql generado anteriormente.
system("".$mysqlimport." --user=".$dbuname." --password=".$dbpass." ".$dbname." < ".$archivo."");
Espero sirva.
Saludos!!!
