Hola, si colocas los dos HD en el mismo cable y puerto deberán ir como maestro/esclavo, si los colocas en distinto cable pueden ser los dos maestros.
Te recomiendo la primera, o sea, configurar tu nuevo HD como esclavo en el mismo cable, para ello, cambia el pin de la parte posterior a como indique alguna pegatina que deberia haber en el HD, o sea, que el cuadrito de plastico agarre los dos pins que sean para SL o SLAVE o algo así debería decir.
Cuando instales el windows te dirá en que disco lo quieres instalar,
pero MUCHO OJO, muy probablemente se te desconfigure el arranque de linux, ya que
windows no te va a dar opción de arrancar en linux, así que tendras que volver a configurar/instalar el grub o lilo (o sea, el selector de arranque de linux).
Yo que tú me enteraría muy bien antes de hacer nada, tuve muchísimos problemas
para recomponer el arranque de linux.
Suerte