Eso te sucede porque a partir del Explorer 7 (y algunas actualizaciones de Explorer 6) ciertos elementos incrustados en un documento HTML deben ser activados manualmente por el usuario antes de interactuar con ellos.
Existen varios Javascripts que hacen esa activación de manera automática, así elusuario puede interactuar con el elemento desde el primer momento. Puedes usar uno que hice y se llama
jActivating.