Lo de pedir confirmación es algo que creo que depende del navagador. Nada que hacer.
pagina.php y pagina.htm es lo mismo ya que al navegador solo le llega HTML.
Yo, en la nueva pondría unas líneas del tipo
O una función con ese contenido y llamarla desde el onLoad del BODY.
También puedes cerrar la anterior desde ella misma. Es decir desde el lugar donde abres la nueva.
Código:
<a href="javascript: window.open('xxx.htm'); self.close();">Abrir nueva</a>
En este último caso, si navegas con IE7 incluso te pone la nueva en la misma pestaña.
Pero, la mejor manera viene siendo emplear el tag
<a> de HTML sin el atributo "target". Esto hace que se ta abra al nueva sobre la vieja, que es lo que quieres ¿no?