Tienes razón, a mí me sorprende que si de verdad las tablas dan problemas para posicionarse en buscadores y para otras cosas, los manuales las citen actualmente como método para maquetar; aunque también es cierto que en los libros de hoy se les da tanta importancia a las hojas de estilo como a las tablas. Quizá el problema sobreviene cuando se busca añadir a la página un toque dinámico que no dependa de PHP, Flash o Javascript. Yo al menos no he encontrado ningún tutorial de CSS que diga cómo sustituir esas herramientas para "salpimentar" un poco una web con algún efecto no estático.
Saludos