Bueno, no se si algún programa haga todo eso al mismo tiempo, unir subs, cambiar formato y recortar, por eso lo mejor es primero hacer cada cosa de manera independiente
Prueba con el Virtual Dub
Mod (que es igual que el Virtual Dub pero con mejor soporte, además instálate el codec Xvid que mencionan en el manual), ahí unes los subs e inclusive puedes recortar el video, y luego cambias a mpeg...