Perdon Aeyon, pero no tiene que ver con eso, recuerda que esto $ le indica que es una variable de php, cuando lo lees en html, no estas leyendo $var, sino el valor que tiene esa variable.
Bien, la onda con IE y FF es que funcionan diferente, para que esa linea te funcione bien, debes poner lo del php usando comillas dobles, es decir
<a href=\""javascript
:funcionajax(($id)\"">liga</a>
Y esto no tiene que ver con el Explorador, tiene que ver con la forma de programar, es decir, cuando muestras el html es el resultado de lo que se genera en php, no es en si el php, recurden que html tiene tambien sus formas de representarse en el navegador
en fin, saludos