En primer lugar debes de nombrar los checkbox con formato de array:
Código HTML:
<input type="checkbox" name="mensajes[]" value="$id" />
Posteriormente en PHP solo lo rescatas directamente como array:
Código PHP:
echo "Checkbox seleccionados:";
foreach( $_POST['mensajes'] as $id ) {
echo $id . "<br />";
}
Saludos.