Que tal, como dije ya lo habia resuelt ayer mismo y hoy ya los subo para quien lo llegue a necesitar, saludos!!!
   Código HTML:
 function generaDiasHabiles(f1,f2){
	alert('entre a generar los dias');
    f1 = f1.split('/');
    f1 = f1[2]+'/'+f1[1]+'/'+f1[0];
    fecha1 = new Date(f1);
    
    f2 = f2.split('/');
    f2 = f2[2]+'/'+f2[1]+'/'+f2[0];
    fecha2 = new Date(f2);
    alert('fecha1 : ' + fecha1 + ' \n&\n fecha2 : ' + fecha2);
    
    
    contador=0;
    while (fecha1<=fecha2){
    	fecha1.setTime(fecha1.getTime()+24*60*60*1000);
    	if (fecha1.getDay() != 6 && fecha1.getDay() != 0)
    	contador++; 
    }
	alert(contador);
}