Vale, al final lo que he optado por hacer es no coger el fichero como tipo file, si no cogerle como un String (tipo text) a través del formulario, así almaceno la ruta en la que está el fichero.
Pero ahora me ha surgido otro problema:
almaceno la ruta como un string, y si quiero descargar el archivo? cómo tendría que hacerlo? con un href como el siguiente, no lo hago... cómo se prodría hacer?
<a href="<%=(fichero.getRuta())%>" target="_blank"> descargar fichero </a>
(siempre teniendo en cuenta que el archivo se encuentra en una carpeta temporal residente en el propio equipo)
Muchas gracias.