Hola:
Veo que la manera más fácil es reemplazar el nodo que tienes con un nodo de texto, que incluiría el texto que a ti te de la gana (pero no etiquetas HTML):
Código PHP:
<table border="1">
<tr>
<td>a</td>
<td>b</td>
</tr>
<tr>
<td><div id="miObjeto" style="background-color:red">OBJETO</div></td>
<td>d</td>
</tr>
</table>
<button onclick="eliminar()">Elimina miObjeto</button>
<script type="text/javascript">
function eliminar() {
var elObj = document.getElementById("miObjeto");
var elTxt = document.createTextNode("Estaba aquí.");
elObj.parentNode.replaceChild( elTxt, elObj );
}
</script>
De esta manera lo estamos reemplazando sin ninguna complicación. Guardamos una referencia al objeto, creamos el nodo de texto, y reemplazamos el primero por el segundo en el árbol DOM.
Un saludo.