A ver, entonces, primero tienes un AVI, al cual le quieres pegar subtítulos y transormar a mpeg1 para VCD usando el frame server, y además lo quieres partir a la mitad...Vaya, eso es muuuuuy diferente a tu planteamiento original
Luego del regaño
... naaaa... Intenta cortar primero el AVI desde el VirtualDubMod (no el VirtualDub, hey, ya intentaste con el VirtualDub
Mod ???), ya con los avis cortados, revisa si estan bien, y luego a cada tramo le aplicas el paseito del frameserver... Tambien debes recortar los subs me imagino...
O le pegas los subs desde el VirtualDubMod y exportas como avi, revisas si te da ese problema, y si no, ese ya lo pasas a mpg1... Se escucha lioso, pero sin saber más se me ocurre eso.