eliminar carpetas del servidor

[emprear]

En muchos casos los clientes de FTP o los paneles de control están configurados para no permitir la eliminación de carpetas que contengan archivos, es decir que no estén vacías. Si tiene contenido prueba primero de eliminar este y luego la carpeta.
Es casi seguro que ese sea el problema, fijate que tu log dice Directory not empty filemng: Error occured ...
En una configuración standar un host como el tuyo debería asegurarte permisos adecuados para la acción que quieres realizar.
Si el problema continúa contácta al administrador, creo que es lo más adecuado.
Una observación, no necesariamente la carpeta raiz de tu web es la carpeta raiz sobre la que tiene acceso tu cuenta de ftp

Por ejemplo en mi caso, la carpeta raiz de mi web es
/users/webs/midominio.com/htdocs
en tanto que para ftp es
/users/webs/midominio.com
es decir que yo si lo quisiese podría crea la carpeta
/users/webs/midominio.com/config

Esto es muy util ya que puedes utilizar datos que no tiene acceso por web
imaginate usar en tu php un
require('/users/webs/midominio.com/config/conectar.php')
que contenga configuraciones y parametros de conexion a BD

finalmente, cada administrador puede usar cualquier nombre para tu carpeta raiz web (htdocs,public,html,httpdocs,www,etc...)

Saludos