Control de Usuarios

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Hola gente, quisiera saber como puedo autentificar usuarios en PHP. Sé que
mediante sesiones se puede realizar, pero tengo algunas dudas, por ejemplo,
si yo tengo en una tabla el nombre de usuario y su contraseña ¿no seria poco
seguro, es decir, is pierdo la tabla o me la roban o algo pasa? ¿he
escuchado hablar de MD5 y Crypt pero no se si esto es aplicable?.
Actualmente este sistema se realiza nediante un .HTPASSWD y el .HTACCESS,
como saben este metodo despliega una ventanita para autentificar a los
usuarios, no me acuerdo bien, pero en php se que existe una funcion que
realiza esta misma funcion de desplegar una ventanita cuando se intenta
ingresar a ese directorio o a algun script.
Por otra parte, ¿como puedo determinar los computadores y los usuarios que
ingresan con una misma clave de accesso?¿como puedo limitar esto para que no
dos o mas usuarios ocupen la misma clave de acceso?¿ como se que
computadores ocupan la misma clave de acceso?

Cualquier aporte sera muy bienvenido.

Gracias,