Tenes que entrar al panel del dominio, crear unos subdominios que apunten a las IP de tu servidor:
ns1.tudominio.com > xx.xxx.xxx.xx
ns2.tudominio.com > xx.xxx.xxx.xx
Despues, pones en el dominio tambien:
ns1.tudominio.com
ns1.tudominio.com
Y desde el WHM agregas esa cuenta.