Gracias RobiBaggio por la tan pronta respuesta
El TMPGEnc 4.0 Xpress tiene un Batch encode tool pero este no sirve para cuando uno quiere solo multiplexar o demultiplexar. El que si tiene un batch exclusivo para estas dos opciones es el TMPGEnc MPEG Editor 2.0, bastante util, pero (siempre hay un pero en la vida

) hay que seleccionar uno por uno, elegir el video elegir el audio y elegir la ruta con el nombre donde se creara el archivo resultante. Si quiero multiplexar uno o dos no hay problema, pero si quiero hacerlo para 100 videos todos los dias ahi si hay problemas
A estas alturas estoy evaluando hacer un programa a mi medida, al menos soy programador en Visual Basic pero de como se conforman los videos internamente, de eso si no se nada
Me estoy bajando el Super, lo pruebo y te digo como me fue.
Bye