Te pondré un ejemplo de lo que yo hago por si te sirve:
1. Al empezar el documento pongo Cita: //funciones pdf
require_once('html2fpdf.php');
// activate Output-Buffer:
ob_start();
2. Pongo el código php tal cual, donde tengo las tablas que quiero imprimir 3. Añado esto al final Cita: // PHP code here //END-OF-PHP code
// Output-Buffer in variable:
$htmlbuffer=ob_get_contents();
// delete Output-Buffer :
ob_end_clean();
$pdf=new HTML2FPDF();
$pdf->SetMargins(40,60,20);
$pdf->AddPage();
$pdf->Image('../Templates/imgcompartidas/logo.jpg',90,8,33);
//$pdf->SetLeftMargin(30);
$pdf->Ln(3);
$pdf->WriteHTML($htmlbuffer);
$pdf->Output(); //Outputs on browser screen
Luego además estan las lineas con la fuente que tu quieras,margen,...
Un saludo.