Después de pensarlo con detenimiento he hecho esto, con lo facil que me parece ahora y antes no se me ocurría...
Cita: "select distinct pedido.id_pedido from pedido,proyecto,empresa where empresa.cif_empresa='$colname_empresa' and proyecto.cif_empresa=empresa.cif_empresa and proyecto.id_proyecto=pedido.id_proyecto order by pedido.id_pedido asc"